Sinopsis
Rita Mora Castro, una abogada de poca trayectoria en México, escribe la defensa de un caso de asesinato que involucra a la esposa de una figura prominente de los medios, yendo en contra de su conciencia para argumentar que la muerte fue un suicidio. Después de ganar el caso, Rita recibe una llamada anónima con una oferta misteriosa pero lucrativa. Reflexionando sobre su descontento, Rita acepta una reunión con la persona anónima en el puesto de periódicos. El cliente, que se revela como el capo del cartel de drogas Juan «Manitas» Del Monte, expresa el deseo de someterse de forma encubierta a una cirugía de afirmación de género, comenzando una vida nueva y auténtica.
Después de reunirse con médicos en Bangkok y Tel Aviv, Rita encuentra un cirujano que acepta realizar el procedimiento después de escuchar los recuerdos de Manitas sobre la disforia de género durante la infancia. Después del procedimiento, los hijos de Manitas y su esposa, Jessi, son trasladados a Suiza por su seguridad; Rita recibe una suma exorbitante de dinero, mientras que Manitas finge una muerte falsa y comienza una nueva vida bajo el nombre de Emilia Pérez.
Cuatro años después, en Londres, Rita se encuentra con Emilia, que quiere reunirse con sus hijos. Rita lleva a Jessi y a los niños a la Ciudad de México para vivir con Emilia, presentándola como una prima lejana de Manitas que se ha ofrecido como voluntaria para ayudar a criar a los niños. Jessi no reconoce a Emilia y se opone al acuerdo, y finalmente solo acepta regresar a México para reunirse con Gustavo Brun, un antiguo amante con quien tuvo una aventura durante los últimos años de su matrimonio.
Mientras se adaptan a su nueva vida en México, Rita y Emilia tienen un encuentro casual con la madre de un niño desaparecido, lo que hace que Emilia reflexione sobre su pasado criminal. Más tarde, Emilia acuesta a su hijo, y el hijo confiesa que todavía reconoce su olor. Arrepentida, Emilia utiliza sus conexiones con miembros del cartel encarcelados para crear una organización sin fines de lucro que identifica los cuerpos de las víctimas del cartel. Rita y Emilia colaboran en el crecimiento de la organización sin fines de lucro y en el reclutamiento de donantes, algunos de los cuales, señala Rita, son peligrosos y corruptos. Epifanía, una mujer cuyos restos de su marido abusivo fueron identificados por la organización sin fines de lucro, se reúne con Emilia para confirmar su muerte, y posteriormente las dos comienzan una relación.
Mientras tanto, Jessi continúa reavivando su relación con Gustavo y le revela a Emilia que los dos planean casarse y mudarse con la familia a un nuevo hogar. Cuando Emilia se refiere a los niños como «míos» y se vuelve físicamente agresiva, Jessi huye con los niños. Después de que Emilia le corta la mesada a Jessi y amenaza a Gustavo para que se vaya de México, Jessi y Gustavo secuestran a Emilia y exigen un rescate a Rita. Al llegar al lugar designado, Rita intenta negociar con Gustavo, pero se produce un tiroteo con el equipo de seguridad que Rita ha contratado y traído para rescatar a Emilia. Emilia finalmente revela su verdadera identidad a Jessi al contar detalles íntimos de su primer encuentro y el día de su boda. Gustavo y una Jessi confundida cargan a Emilia en el maletero y se van, pero a medida que Jessi se da cuenta lentamente de lo que ha sucedido, se siente culpable y le ordena a Gustavo que se detenga, apuntándolo con una pistola. Mientras los dos luchan por el arma, el auto se desvía de la carretera, matando a Gustavo, Jessi y Emilia.
Entre lágrimas, Rita informa a los hijos de Jessi de lo sucedido y se ofrece a ser su tutora. Epifanía marcha por la calle cantando el panegírico de Emilia y celebrando su lucha por la verdad y la libertad.3